Shirou se retrouve piégé au même endroit où Kirei Kotomine a emprisonné son père. Entouré par la mort, Shirou doit s'échapper par la seule force de sa volonté s'il veut mettre un terme définitif à cette Guerre du Saint Graal. Saber a également du mal à vaincre l'invincible Gilgamesh, mais l'espoir renaît grâce au pouvoir d'« Avalon », l'Utopie Lointaine. Quelles seront les véritables conséquences de la destruction du Saint Graal ? Le monde pourra-t-il un jour retrouver son équilibre ?