Après l'incident à l'église, Saber et Shirou rentrent chez eux et découvrent Rin, étendue sur le sol et grièvement blessée. Il s'avère que Kirei Kotomine l'a attaquée pendant que Shirou et Saber étaient occupés. Mais ce n'est pas tout : il a également enlevé Ilya et compte en faire le sacrifice pour le Saint Graal. Guidés par les derniers conseils de Rin, ils se rendent tous deux à Ryudouji, où Kirei compte invoquer le Saint Graal. Saber affrontera à nouveau Gilgamesh et Shirou devra la quitter pour se confronter à Kirei, qui nourrit manifestement une rancune personnelle envers lui. Le combat final ne fait que commencer.