Après une séance d'entraînement matinale avec Saber, Shirou est aussitôt emmené par Rin pour une autre séance. Pendant ce temps, Shirou reçoit un appel de Shinji, qui lui demande de le rejoindre à l'école. L'urgence semblant l'envahir, Shirou se rend sur place et est profondément choqué par ce qu'il découvre. Shinji révèle sa véritable nature et déclare qu'il voulait prouver à Rin sa supériorité sur Shirou et qu'il le vaincrait sur-le-champ. Que va-t-il arriver à Shirou ? Aura-t-il la force d'affronter seul un Maître et son Servant ?