Il y a dix ans, à Fuyuki, un jeune garçon fut pris au piège d'un gigantesque incendie qui incinéra ses parents et ravagea une grande partie de la ville. Alors qu'il agonisait, un homme le sauva. Ce garçon, Shirou Emiya, est aujourd'hui mécanicien amateur et élève à l'Académie Homurabara. Shirou semble également posséder un certain talent pour la magie, mais ses capacités sont loin d'égaler celles de son défunt père. Pendant ce temps, la ville est en proie à des fuites de gaz et à une vague d'homicides. Le sens de la justice de Shirou commence à se réveiller. Que pourrait-il bien faire ?