Percy et Michael prennent en charge leur dernière mission : un chef slave recherché pour crimes de guerre. Nikita découvre leur cachette et tente de contrecarrer leurs plans, mais un mystérieux groupe de mercenaires à la recherche de matières nucléaires la devance. Alex est mobilisée plus tôt que prévu pour une mission spéciale qui la plonge au cœur d'un conflit. Un flashback révèle un moment charnière dans la vie de Nikita.