Adolescente profondément perturbée, Nikita fut sauvée du couloir de la mort par une agence secrète américaine connue sous le nom de Division, qui la forma comme espionne et tueuse. Nikita fut finalement trahie par les seules personnes en qui elle pensait pouvoir avoir confiance. À présent, après trois ans de clandestinité, Nikita cherche à se venger et fait clairement comprendre à son ancien patron, Percy, ainsi qu'à ses anciens amis Michael et Birkhoff qu'elle ne reculera devant rien pour démasquer et anéantir leur opération secrète. Division continue de recruter et de former d'autres jeunes, parmi lesquels Jaden et Thom, effaçant toute trace de leur passé et les transformant en tueurs froids et efficaces. L'une de ces nouvelles recrues, Alex, est une belle jeune fille au passé violent, dont l'histoire n'est pas si différente de celle de Nikita. Les recrues passent toutes une partie de leur entraînement avec Amanda, une manipulatrice hors pair capable de transformer n'importe quel vilain petit canard en cygne et n'importe quel cœur tendre en tueur.