Un nuage mystérieux enveloppe la Terre, provoquant un tsunami dévastateur et d'autres catastrophes environnementales. Crane utilise le sous-marin volant pour en découvrir la cause et se retrouve pris au piège par un extraterrestre maléfique. Une fois à bord, ce dernier tente d'arrêter Nelson avant qu'il ne détruise le nuage à l'aide d'armes nucléaires.