Le Dr Daniel Jackson arrive à Atlantis pour enquêter sur un laboratoire secret laissé par le scientifique ancien renégat Janus. Leur découverte attire l'attention d'un mystérieux groupe d'extraterrestres qui infiltrent la cité. Pendant ce temps, « Todd » et une délégation arrivent à bord du Daedalus pour apporter la thérapie génique du Dr Jennifer Keller. 303.