Sydney et Jack mettent en garde Vaughn, sceptique, contre leurs soupçons : Lauren serait-elle la taupe de la CIA ? Pendant ce temps, Bomani et Sark s'emparent de la machine Rambaldi. Sydney et Vaughn doivent stopper un virus Covenant qui paralyse les infrastructures médicales du monde entier. Le secret de Sloane est révélé à Jack, et Bomani commence à douter de la capacité de Lauren à mener à bien ses missions pour le Covenant.