Sydney et Vaughn sont envoyés récupérer le Programme Doleac afin de prendre l'avantage sur l'Alliance Covenante. Pour ce faire, Sydney et Weiss doivent convaincre Toni Cummings, conceptrice de systèmes de sécurité dissidente, d'aider la CIA à infiltrer un Système de Réponse Létale. Pendant ce temps, Sark approche un allié improbable pour éliminer les chefs de cellule de l'Alliance Covenante.