Afin de sauver Will, Sydney et Vaughn doivent détruire un dispositif Rambaldi à l'apparence familière, tandis que Jack conclut un marché risqué avec le représentant de Khasinau, M. Sark. Parallèlement, la CIA soupçonne l'un de ses agents d'être une taupe à la solde de « l'Homme » ; l'Alliance prend une décision concernant le sort d'Emily Sloane ; les soupçons de Dixon à l'égard de Sydney s'intensifient ; et Sydney se retrouve face à face avec « l'Homme ».