Sydney découvre des informations choquantes sur le rôle de son père dans le meurtre de Danny et accepte une contre-mission contre le SD-6 pour démanteler un réseau de trafiquants d'armes lié à la disparition d'une arme nucléaire. Pendant ce temps, Will commence à se méfier de la double vie de son ami ; et Vaughn est dessaisi de l'affaire Syd après que son erreur ait mis le monde entier en danger.