Vaughn désobéit aux ordres et tente d'aider Sydney et Jack à empêcher la destruction du quartier général du SD-6 et la mort de tous ses occupants. Pendant ce temps, McKenas Cole poursuit sa vendetta contre Sloane et recherche un mystérieux appareil. Une femme désespérée mais déterminée convainc Will de poursuivre son enquête sur le SD-6 et l'emprisonnement de David McNeil.