Quelques secondes avant la démolition d'un bâtiment, un enfant muet et mystérieux, vivant seul sous terre, est découvert. Lorsque la Division Fringe du FBI enquête, le garçon tisse un lien inexplicable avec l'agent Olivia Dunham. Pendant ce temps, un tueur en série particulièrement macabre refait surface et exhibe son « art » en présentant ses œuvres au public. Tandis que le garçon s'intègre peu à peu dans son nouvel environnement, Olivia et son équipe doivent se dépêcher pour empêcher le fou de commettre d'autres massacres.