En 1473, le jeune Léonard de Vinci étudie l'art auprès de son maître, Verrocchio, à Florence. Apprenti d'Andrea del Verrocchio, il s'initie à la couleur, aux ombres, à la sculpture, à la peinture sur panneau et à la réalisation de retables. Pour Verrocchio, l'autodiscipline est la clé du succès. En 1498, Léonard est au service du duc et de la duchesse de Milan. Il reçoit la commande d'une statue du père du duc et d'un tableau, « La Cène », destiné aux moines de leur réfectoire. La duchesse de Milan lui demande de composer une pièce de théâtre sur les étoiles, les planètes et l'espace. Ce projet ne l'enthousiasme guère, car il l'empiétera sur le temps qu'il consacrera à ses chefs-d'œuvre. Pendant la représentation, Léonard surprend un jeune garçon, Salai, en train de voler de l'argent aux machinistes. Salai lui confie être sans abri et rêver de devenir artiste comme lui. Léonard l'invite à vivre chez lui et lui propose de lui apprendre la peinture. La ville de Milan s'embrase pendant la guerre. Salai et Léonard s'échappent avec tous ses croquis et retournent à Milan. Milan est différente de ce dont Léonard se souvient. L'école d'apprentissage n'est plus en activité. Léonard rencontre un jeune Michel-Ange. Il devient évident que les conceptions de la formation artistique de Michel-Ange et de Léonard sont très différentes : passion et créativité contre discipline et règles. Salai devient imprudent et rebelle. Léonard s'efforce de le maintenir sur le droit chemin. Alors qu'il tente de mettre au point une méthode de conservation des peintures murales, l'une des toiles de Léonard commence à se détacher du mur. Découragé, Léonard décide de retourner à Milan. Salai choisit de rester à Florence avec Michel-Ange. Léonard repart avec un sentiment d'échec. De retour à Milan, il contemple son tableau, « La Cène », et constate que de jeunes apprentis l'utilisent comme modèle. Ces derniers demandent à serrer la main du maître, la main de Léonard de Vinci.