La situation est critique : le Collectif, toujours dirigé par Graff et Haled, est en train de prendre le dessus sur la Section. Mais, juste à temps, Michael demande à Nikita de l'aider à retourner à la Section, où son retour est accueilli avec suspicion par M. Jones et l'équipe des Opérations. Alors que de nouvelles missions contre le Collectif sont lancées suite au retour de Michael, Nikita avoue lui avoir menti dans « Quatre années-lumière plus loin » et qu'elle l'aime bel et bien. L'équipe des Opérations découvre que le Collectif a infiltré le système informatique de la Section pour tenter de localiser et d'enlever Adam, le fils de Michael, afin de reprendre le contrôle sur lui. L'équipe des Opérations parviendra-t-elle à déjouer les plans du Collectif ? 348. Adam, le fils de Michael, est retenu en otage par le Collectif. Michael doit le sauver en acceptant un échange proposé par le Collectif. Pendant ce temps, Michael propose à Haled d'éliminer Graff, ce qui lui permettrait de devenir le chef de l'équipe. Nikita et Michael acceptent, mais c'est une mauvaise nouvelle car Haled est décédé. La situation est critique pour Michael.