Nikita, une jeune fille des rues, est accusée à tort d'un meurtre qu'elle n'a pas commis et condamnée à la prison à vie. Après que le gouvernement a orchestré une fausse tentative de suicide, Nikita se réveille à la Section Un, une agence ultrasecrète chargée de la former pour devenir agent antiterroriste. Nikita veut résister, mais pour survivre, elle n'a d'autre choix que de se soumettre à leurs plans.