Les plans de Nathan sont mis au jour lorsque le Département de la Sécurité intérieure ouvre une enquête sur ordre direct du Président des États-Unis. Sylar et Luke entreprennent un voyage à la recherche du père de Sylar, mais sont secrètement traqués par les agents de Nathan. La vie se complique pour la famille Bennet lorsque Claire intervient pour protéger un jeune homme doté de pouvoirs, menacé de capture par le HRG. Ailleurs, les visions prophétiques de Matt mènent Hiro et Ando en Inde, et un allié mystérieux vient en aide à nos héros.