Le capitaine Scarlet, le colonel White et le lieutenant Green sont à bord du Proteus, un vaisseau furtif de pointe effectuant son voyage inaugural. Les Mysterons prennent rapidement le contrôle du vaisseau et utilisent les robots de réparation comme armes contre Scarlet, Green et White. Parallèlement, ils projettent d'utiliser le Proteus pour abattre un navire chinois transportant le président de la République populaire de Chine et déclencher ainsi une guerre mondiale entre les États-Unis et la Chine.