Après avoir été envoyée à Tokyo, Momoji, la cible des Aragami, découvre qu’elle est désormais sous la protection du TAC. Elle sait que ces monstres sont terribles et maléfiques, et elle veut vraiment les aider, mais elle ne sait pas comment faire. Le TAC découvre rapidement que leur base n'est pas aussi sûre qu'ils le pensaient lorsqu'un Aragami s'y introduit et les attaque.