La situation se complique encore davantage pour la pauvre Momiji lorsqu’un homme nommé Mamoru Kusanagi arrive. Apprenant qu’il est là pour la protéger de ces étranges monstres (les Aragami), elle se sent plus en sécurité. Elle est loin de se douter que Kusanagi n’a pas l’intention de la sauver ou de la sacrifier. Pendant ce temps, le TAC se précipite sur les lieux avec une création expérimentale capable de vaincre les terribles Aragami.