Me Ekipin Plazma të mposhtur një herë e përgjithmonë, Ash vendos se është koha të kthehet në Kanto. Iris dhe Cilan vendosin të shkojnë me të për të avancuar aftësitë e tyre, dhe Profesor Juniper i merr të gjithëve një udhëtim me anije nëpër Ishujt Decolore në një varkë me një ekuipazh misterioz. Megjithatë, pasi vendosen në kabinat e tyre, Ash zbulon se janë të mbyllur dhe Pokémon-ët e tyre nuk janë me ta.