Me komandën e My. Wily, udhëheqësit të lig të Botës së Tretë, Maddy, Z. Match dhe Konti Zap lëshojnë një akuarium plot me peshq robotikë duke përdorur një virus kompjuterik unik, të tipit kandil deti. Peshqit robotë krijojnë kaos të plotë në të gjithë DenTech City. MegaMan dhe Glide futen në CyberMatrix për të ndaluar virusin, por shpejt e gjejnë veten në rrugën e një Virusi të egër të Valës së Baticës! Pikërisht kur MegaMan dhe Glide janë gati të gëlltiten nga vala gjigante, shfaqet një NetNavi misterioz i quajtur SharkMan... A është mik apo armik?