Me mbylljen e Dosjeve X, Scully është caktuar si instruktor në Akademinë e FBI-së, ndërsa Mulder po bën punë mbikëqyrëse të rëndomtë. Pas takimit me Senatorin Matheson, një nga mbështetësit e tij në lidhje me Dosjet X, Mulder nuk i bindet urdhrave dhe shkon në një vend të braktisur SETI në Porto Riko, i cili në mënyrë të pashpjegueshme është riaktivizuar dhe mund të ofrojë prova të kontaktit me jetën jashtëtokësore.