Ka një arratisje nga burgu në burgun e sigurisë maksimale të Hero Factory! Kriminelë si Toxic Reapa i çmendur, Jawblade i lig dhe Splitface skizofrenik janë çliruar dhe po përhapin kaos dhe shkatërrim në të gjithë galaktikën! Zbulohet se i ligu Black Phantom qëndron pas arratisjes nga burgu dhe se kjo ishte thjesht një shpërqendrim për heronjtë, në mënyrë që ai të mund të përpiqej të shkatërronte Kullën e Asamblesë së Hero Factory ndërsa ata po rimarrnin të arratisurit. Evo, Surge dhe Furno dërgohen në misione për të kapur dhe prangosur keqbërësit, ndërsa Rocka mbetet në Fabrikën e Heronjve për të ndaluar Black Phantom, i cili tashmë i ka neutralizuar menaxherët e misionit, dhe për të shkatërruar kafshën e tij Arachnix.