Ka një arratisje nga burgu në burgun e sigurisë maksimale të Hero Factory! Kriminelë si Toxic Reapa i çmendur, Jawblade i lig dhe Splitface skizofrenik janë çliruar dhe po përhapin kaos dhe shkatërrim në të gjithë galaktikën! Zbulohet se i ligu Black Phantom qëndron pas arratisjes nga burgu dhe se kjo ishte thjesht një shpërqendrim për heronjtë, në mënyrë që ai të mund të përpiqej të shkatërronte Kullën e Asamblesë së Hero Factory ndërsa ata po rimarrnin të arratisurit. Evo, Surge dhe Furno dërgohen në misione për të kapur dhe prangosur të këqijtë, ndërsa Rocka mbetet në Hero Factory për të ndaluar Black Phantom, i cili tashmë i ka neutralizuar menaxherët e misionit, dhe për të shkatërruar kafshën e tij shtëpiake Arachnix.