Akademia S.H.I.E.L.D. është hapur në Triskelion nga Nick Fury ndërsa grupi i Spider-Man merr edukimin e tyre nga Z. Frank dhe instruktorë të ftuar si Kapiten Amerika dhe Hawkeye. Në gjysmë të rrugës së edukimit të tyre, Spider-Man dhe Iron Spider pa e ditur riaktivizojnë një horr të vjetër të Luftës së Dytë Botërore të quajtur Arnim Zola.