Michael Kenmore është infiltruar në Atlantis me një ushtri të Hibridëve të tij dhe mbyll Operacionet Stargate dhe nivelet e rrethuara për të parandaluar këdo që ta marrë atë përsëri. Plani i tij; të marrë Teyla Emmagan dhe fëmijën e saj për të përsosur Hibridët e tij dhe për të shkatërruar bazën kur të kenë mbaruar. Ndërkohë, Nënkoloneli John Sheppard, Dr. Rodney McKay dhe një ekip përpiqen të rimarrin qytetin përpara se Michael të largohet me atë që dëshiron.