Akira est revenu vivant après avoir vaincu Beta, mais Tokyo est bientôt la cible d'une cyberattaque de grande ampleur. Il s'infiltre dans le réseau avec les clones d'Ygg pour en découvrir la cause et combat les ennemis à l'intérieur. Pendant ce temps, le piratage se propage au monde entier. Il prend le contrôle de bases militaires et lance une salve de missiles balistiques intercontinentaux, cherchant à détruire la planète. Afin de sauver l'humanité, Akira prend une décision guidée par l'amour.