Trop effrayé pour affronter Misato ou Rei, Shinji s'enfuit à nouveau et rencontre Kaworu Nagisa, le pilote remplaçant de l'EVA-02, avec qui il se lie d'amitié. La gentillesse et la bienveillance de Kaworu apportent un réconfort précieux à Shinji, profondément perturbé. Cependant, les incroyables capacités de synchronisation de Kaworu suscitent de nombreux soupçons.