Kouzou Fuyutsuki est kidnappée et interrogée par Seele, horrifiée par les conséquences de la dernière rencontre avec un Ange. Il raconte son passé, offrant des retours en arrière sur la création de Nerv. Les passés de Misato Katsuragi, Ritsuko Akagi, Rei Ayanami et Yui Ikari sont également révélés. Ryouji Kaji, quant à lui, décide de découvrir la vérité, quel qu'en soit le prix. 93.