Shinji bat Asuka lors d'un test de synchronisation, à son grand désarroi. Peu après, les EVA sont envoyés pour affronter une mystérieuse apparition, et l'EVA-01 est aspirée dans une obscurité ténébreuse qui surgit du néant sous elle. Tandis qu'une opération d'urgence est mise en place pour secourir l'EVA capturée, Shinji entreprend un voyage au cœur de sa propre conscience…