Un test de routine impliquant les pilotes d'EVA se transforme en lutte pour la survie lorsqu'un Ange d'un type inédit apparaît et se propage au sein du QG de NERV. Cet Ange, semblable à un ordinateur, menace de déclencher l'autodestruction de l'ensemble des installations, forçant le Dr Ritsuko Akagi à une course contre la montre pour sauver le GeoFront et détruire l'Ange.