La mutation néogénique de Spider-Man, qui progresse, le rend malade et il sollicite l'aide d'un homme réputé pour aider tous les mutants : le docteur Charles Xavier. Il rencontre alors les X-Men, mais est déçu d'apprendre que Xavier ne « guérit » pas la mutation ; il aide seulement ceux qui sont nés ainsi à accepter et à maîtriser leurs pouvoirs. Au cours de cette quête, il se retrouve mêlé à un complot visant à exterminer tous les mutants et doit déjouer ce plan diabolique avec l'aide des X-Men.