Durant la période Sengoku au Japon, le seigneur Daigo Kagemitsu conclut un pacte avec douze démons, leur offrant son fils à naître en échange de la prospérité de ses terres. Des années plus tard, le jeune voleur Dororo est attaqué par un goule, mais sauvé par un garçon mystérieux dont le corps s'avère être presque entièrement composé de prothèses.