Les Sea Shepherd font face à une campagne difficile en 2013, le Brigitte Bardot et leur hélicoptère étant indisponibles. La flotte accueille un nouveau navire, le Sam Simon. L'ancien capitaine du Steve Irwin, Paul Watson, est contraint de démissionner suite à une injonction lui interdisant de s'approcher à moins de 500 mètres de la flotte baleinière japonaise. Les quatre principaux navires de la flotte sont commandés par de nouveaux capitaines, Watson assurant le rôle d'observateur. Le Steve Irwin reste en service pour coordonner l'opération. Le Bob Barker est envoyé à la recherche de la flotte baleinière et finit par localiser le Nisshin Maru près de la limite ouest de la zone de chasse. Cependant, l'équipage assiste impuissant à la capture d'une baleine par les Japonais, qui la chargent à bord de leur navire-usine. Le Sam Simon est envoyé à la recherche du navire ravitailleur Sun Laurel et le localise finalement, ainsi que deux baleiniers japonais. L'équipage tente d'empêcher le ravitaillement, mais échoue lorsque le jeune capitaine prend la fuite, ne voulant pas risquer son équipage. Après la chasse, le Nisshin Maru met le cap à l'est. Comprenant que le navire-usine tente également de se ravitailler, les Sea Shepherd dépêchent tous leurs navires pour l'en empêcher. Trente heures plus tard, les navires se préparent à l'affrontement. Le Bob Barker, un navire de 500 tonnes, bloque le Nisshin Maru, un navire de 5 000 tonnes, en se positionnant juste à côté du Sun Laurel. Les Japonais somment le Bob Barker de se déplacer, mais le capitaine Peter Hammarstedt refuse d'obtempérer. Le Nisshin Maru pousse alors le Bob Barker avec son étrave, endommageant le navire et provoquant une dangereuse gîte. Après un face-à-face, le Nisshin Maru se retire tandis que le Sun Laurel abandonne l'opération. Quelques jours plus tard, la flotte baleinière repart pour le Japon avec seulement 103 prises.