Alors que les Tortues cherchent des fragments d'un étrange métal que le Baron Draxum convoite, Splinter enquête sur les activités suspectes d'April à son nouveau travail au Repaire des Foot. Il découvre rapidement que les Foot projettent de ressusciter leur ancien maître, Shredder, en réassemblant l'armure Kuroi Yoroi. Au fil des affrontements, les secrets du passé de Splinter sont enfin révélés.