Accompagnés de Houko Hoshinomiya, une ancienne camarade de classe de Marie, Naoto et les autres observent le coup d'État lorsqu'ils apprennent que le gouvernement japonais s'apprête à utiliser la Grande Baguette contre les Yatsukahagi. Alors que l'impact de la Grande Baguette est imminent, Gennai, le cerveau du coup d'État, actionne le canon principal des Yatsukahagi. Les deux génies, Marie et Naoto, doivent relever un nouveau défi pour stopper le carnage perpétré par Gennai. 54.