Kaito et Aoko voyagent dans un train de luxe avec la Reine d'Ingram, son fils et la Mère de Cristal de la Principauté d'Ingram, une immense topaze qui pourrait contenir le joyau de Pandore. La reine a cependant astucieusement dissimulé le véritable joyau, ce qui complique la tâche de Kaito/Kid qui doit le trouver avant l'arrivée du train à Osaka. De plus, il a de la concurrence : un Serpent se trouve à bord !