En 1941, Erwin Rommel et ses armées espèrent conquérir l'Égypte, contrôler le canal de Suez et empêcher la Grande-Bretagne de recevoir des approvisionnements vitaux de la colonie indienne et du Moyen-Orient. La dernière ligne de défense des Alliés est une flotte de petits sous-marins britanniques de classe U, stationnés sur la minuscule île de Malte. Malgré une météo capricieuse et un compas gyroscopique défectueux, le HMS Upholder et son lieutenant de vaisseau Malcolm Wanklyn luttent pour tenir bon face aux puissances de l'Axe et renverser le cours de la campagne d'Afrique du Nord.