Après une rencontre surprenante avec Desi, la nouvelle recrue de Phoenix, MacGyver et son équipe sont chargés d'escorter et de protéger un chien renifleur d'armes de l'ATF (Bureau de l'alcool, du tabac et des armes à feu) dont la tête est mise à prix. Ils découvrent alors qu'ils ne sont pas les seuls à s'être infiltrés lors du largage d'armes.