Kazumi et Noriko rentrent sur Terre pour leur remise de diplômes. Malgré leurs jeunes années passées dans l'espace, la Terre a vieilli de dix ans. Noriko retrouve son amie Kimiko, désormais maman d'une petite fille. Les forces terrestres découvrent qu'un grand nombre de vaisseaux extraterrestres convergent vers le système solaire. Coach a un plan : créer un mini trou noir autour de Jupiter 2. Pour cela, il a besoin de Kazumi et Noriko aux commandes du Gunbuster. Cependant, Kazumi hésite, car elle est amoureuse de Coach et connaît sa santé fragile.