Opération Stonehenge emmène le spectateur dans un voyage préhistorique de 8000 à 2500 av. J.-C., tandis que les scientifiques découvrent les origines mêmes de Stonehenge et comprennent pourquoi ce site est sacré, préservé et vénéré depuis des générations. Des traces de guerre et de conflits, ainsi que le développement d'idées et d'industries, sont explorés pour révéler des communautés complexes aux liens commerciaux internationaux s'étendant jusqu'en Espagne et en Europe centrale. Grâce à des images de synthèse révélant les monuments cachés sous Stonehenge et à des reconstitutions spectaculaires basées sur des faits réels, les histoires des bâtiments et des peuples qui ont occupé ce site sacré il y a plus de quatre millénaires sont dévoilées en détail.