Haruka Haruno, une jeune fille qui rêve de devenir princesse, rencontre un garçon étrange nommé Kanata qui l'encourage dans son rêve et lui offre un porte-bonheur. Quelques années plus tard, Haruka intègre la prestigieuse Académie Noble, où sa nouvelle colocataire, Yui Nanase, lui fait visiter le campus. Honteuse d'avoir révélé son rêve, Haruka se cache dans les bois et rencontre Puff et Aroma, deux fées du Royaume de l'Espoir. Soudain, Close, un émissaire de la maléfique organisation DysDark, les approche et emprisonne le rêve de Yui de devenir écrivaine dans une Porte du Désespoir afin de créer un monstre appelé Zetsuborg. Déterminée à protéger le rêve de Yui, Haruka transforme son porte-bonheur en Clé de Transformation. Grâce au Parfum de Princesse apporté par les fées, elle devient Cure Flora, la Princess Pretty Cure. Forte de ses nouveaux pouvoirs, Haruka parvient à vaincre le Zetsuborg et à sauver Yui. Par la suite, Puff et Aroma révèlent avoir été envoyées à la recherche de la Princesse Precure par Kanata, qui se révèle être le Prince du Royaume de l'Espoir.