Une gigantesque usine d'extraction de métaux lourds, se déplaçant sur les fonds marins du Pacifique et collectant des déchets toxiques, est soudainement ravagée par un incendie dans un compartiment. Hors de contrôle, elle se dirige vers un gouffre sous-marin. Thunderbird 2 est dépêché avec Thunderbird 4 pour secourir une fois de plus le seul membre d'équipage, Ned Tedford, et sécuriser les déchets toxiques transportés. Pendant ce temps, Lady Penelope enquête sur la société propriétaire de l'usine d'extraction, car John et Gordon soupçonnent le propriétaire d'être plus préoccupé par la cargaison que par l'équipage.