Lors d'un combat contre Eggman, Knuckles souffre d'amnésie. Ses amis tentent de l'aider en lui rappelant ses pires erreurs par le biais de flash-backs. Mais il sombre dans la dépression en apprenant qu'il est le dernier de son espèce, le dernier échidné. Se sentant seul au monde, Knuckles part à la recherche d'une famille d'accueil parmi les villageois.