Sub-Zero part à la rencontre de son ami Smoke, qui revient inopinément après de nombreuses années d'absence. Sub-Zero et Smoke étaient les meilleurs amis du monde avant que le chef du clan Lin Kuei n'ordonne l'automatisation des ninjas. Sub-Zero a réussi à s'échapper, mais Smoke a été arrêté et a récupéré son corps cybernétique. À présent, Sub-Zero veut savoir si son vieil ami a encore une âme ou s'il est devenu une simple machine à tuer. Smoke a pour ordre d'anéantir Sub-Zero, et le guerrier de glace est piégé. Ses amis terriens viennent à son secours et engagent le combat contre les forces du Lin Kuei. L'âme de Smoke, toujours présente dans son corps automatisé, prend l'avantage et se retrouve à nouveau aux côtés de son ami Sub-Zero. Ils s'attaquent au chef du Lin Kuei, capable de se transformer en animaux, mais le duo de ninjas déterminés ne perd pas espoir. Ils vainquent leur chef à temps, et Smoke fait ses adieux à Sub-Zero avant de disparaître.