Gates se rend sur le site archéologique de l'île de Yonaguni, l'île japonaise la plus occidentale de la mer de Chine orientale, afin de déterminer si les structures sous-marines sont d'origine géologique ou humaine. Kihachiro Aratake, découvreur du monument de Yonaguni, plonge avec Josh et lui montre la zone sous-marine avec ses marches taillées menant à une plateforme plane. Josh prélève un échantillon de roche pour analyse géologique. À Osaka, l'archéologue Michio Maezano montre à Josh un ancien tombeau rupestre. Cela prouve que les anciens ont pu sculpter les structures de Yonaguni, puis qu'un tremblement de terre a pu les engloutir.