La Team Plasma vaincue une fois pour toutes, Sacha décide de retourner à Kanto. Iris et Rachid l'accompagnent pour perfectionner leurs compétences, et le Professeur Keteleena leur offre une croisière dans les Îles Décolores à bord d'un bateau avec un équipage mystérieux. Une fois installés dans leurs cabines, Sacha découvre qu'ils sont enfermés et que leurs Pokémon ont disparu.