Grâce à Meloetta, Giovanni, de la Team Rocket, contrôle Tornadus, Thundurus et Landorus sous leurs puissantes formes Totémiques. Il utilise la loupe magique, activée par la présence et le chant de Meloetta. Sacha, Rachid, Iris, Cynthia et Ridley font tout leur possible pour libérer Meloetta et sauver le monde de la Team Rocket. Mais des forces supérieures à la Team Rocket sont présentes, et Giovanni, incapable de se contrôler, pousse Tornadus, Thundurus et Landorus à détruire Unys au lieu de la conquérir pour la Team Rocket.